Mit den üblichen Funktionen eines FTP-Clients wie Up- und Download, Wiederaufnahme bei abgebrochenen Verbindungen sowie FTP- und HTTP-Proxy-Unterstützung ist FlashFXP ausgestattet.
Des weiteren lassen sich Dateien direkt von einem Server auf einen anderen übertragen, ohne dass die Files auf dem eigenen Rechner gespeichert werden müssen.
